Der Waldkindergarten feiert im Jahr 2025 sein 25-jähriges Bestehen. 

Von 2000 bis 2010 war der Kindergarten unter städtischer Hand. Im Jahr 2010 wechselte die Trägerschaft des Waldkindergartens Wurzelzwerge von der Stadt auf den Trägerverein „Waldkindergarten Wurzelzwerge Todtnau e.V.“. Durch engagierte Eltern, die unter anderem auch die Vorstandschaft bildeten, konnte der Kindergarten weitergeführt werden. 2023 übernahm die Stadt Todtnau wieder die Trägerschaft. Der Verein sollte dennoch am Leben gehalten werden und als helfende Hand den Kindergarten unterstützen, wenn Bedarf besteht. So können Investitionen und Bildungsmaßnahmen zum Wohle der Kinder mitfinanziert werden.